Diplômé de Sup de Co Amiens en 1989, Philippe Labonne débute sa carrière la même année en tant que consultant chez Price Water House Coopers (PWC). Quelques années plus tard, en 1993, il rejoint Sitarail, l’une des concessions ferroviaires africaines du Groupe Bolloré, en tant que Directeur général adjoint, avant d’occuper d’autres postes de direction au sein du Groupe, tant en France qu’en Afrique.
En 2015, Philippe Labonne est nommé Directeur général adjoint de Bolloré Transport et Logistique, suite à la fusion de l’ensemble des activités portuaires et logistiques mondiales du Groupe. Il a également été président de Bolloré Ports et de Bolloré Africa Logistics jusqu’en décembre 2022, date à laquelle Bolloré Transport & Logistics a cédé sa filiale Bolloré Africa Logistics au Groupe MSC.
Depuis, Philippe Labonne est le Président d’AGL (Africa Global Logistics), la société issue de cette cession.